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生物信息常用30个Linux命令(三)

admin 2019-7-12 13:57 105人围观 Linux相关


学习生物信息,Linux是必须掌握的内容,其实常用的Linux命令也就30个左右,而且这些命令都是单词的简写,记忆起来并不困难。从这次内容开始,我们将详细介绍这30个左右的命令。

生物信息常用30个Linux命令(一)

生物信息常用30个Linux命令(二)

21、df

df: disk free
df用于查看磁盘消耗,显示磁盘可用空间数目信息及空间结点信息。一般加一个-h选项,然后接要查看的磁盘,默认所有磁盘。
-a  显示全部文件系统
-h  文件大小友好显示
-l  只显示本地文件系统
-i  显示inode信息
-T  显示文件系统类型
$ df -h
Filesystem               Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/centos-root  5.5T  742G  4.7T  14% /
devtmpfs                 126G     0  126G   0% /dev

22、du

du: Disk usage
df用于查看磁盘大小,du用于查看目录所占磁盘大小,一般也加-h选项
-h  方便阅读的方式
-s  只显示总和的大小
$ du -sh wgs/
27G    wgs/

23、find

find顾名思义,主要用于查找文件。因为当文件越来越多的时候,由于Linux是文本界面,不方便可视化文件,这个时候就可以利用find快速找到需要的文件。find支持多种搜索方式。

  1. 与时间有关的选项:共有 -atime, -ctime 与 -mtime 和-amin,-cmin与-mmin,以 -mtime 说明

  2. 与使用者或组名有关的参数:

  3. 与档案权限及名称有关的参数:

  4. 额外可进行的动作:

24、which

which 可执行文件名称 | 查看可执行文件的位置,在PATH变量指定的路径中查看系统命令是否存在及其位置
#案例一:搜索Data目录下以点fna结尾的文件;
find  ../Data -name *.fna

#案例二:搜索系统中最近5分钟内编辑过的文件;
find / -amin 5

#案例三:查找大于100M的文件;
find ./ -size 100M

案例四:按照文件类型搜索;
find  ./ -type 文件类型
c 的档案
d: 目录
b: 区块装置档案 ,
p: 具名贮列
f: 一般档案
l: 符号连结
s: socket

#案例五:搜索文件,直接处理;
find ./temp/ -name *.fna -exec rm '{}' \;

25、top

top可以动态显示系统进程使用情况,类似于windows系统的任务管理器。可以
显示当前系统正在执行的进程的相关信息,包括进程ID、内存占用率、CPU占用率等。
$ top
top - 21:57:57 up 64 days, 14:32,  4 users,  load average: 1.03, 1.03, 1.05
Tasks: 413 total,   2 running, 411 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
%Cpu(s):  3.2 us,  0.1 sy,  0.0 ni, 96.7 id,  0.0 wa,  0.0 hi,  0.0 si,  0.0 st
KiB Mem : 26346684+total, 49366600 free, 10640988 used, 20345926+buff/cache
KiB Swap: 33554428 total, 31772892 free,  1781536 used. 24733774+avail Mem

   PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S  %CPU %MEM     TIME+ COMMAND                                                 
316997 wangtong  20   0 6076392   5.7g    804 R  99.7  2.3   9074:52 dnaml                                                   
451916 root      20   0  162244   2620   1576 R   0.7  0.0   0:00.05 top                                                     
    19 root      rt   0       0      0      0 S   0.3  0.0   0:20.10 watchdog/2                                              
   754 root      20   0  159156  97984  97640 S   0.3  0.0  73:10.61 systemd-journal 

26、ps

ps: process status
ps也是系统进程管理工具,与top不同的事,top可以动态显示,而ps则是静态显示,是某一时刻的快照,静态显示的好处是便于其他程序捕获结果,进行处理。
a   显示所有的进程
-a  显示同一终端下的所有程序
e   显示环境变量
f   显示进程间的关系
-H  显示树状结构
r   显示当前终端的程序
T   显示当前终端的所有程序
-au 显示更详细的信息
-aux    显示所有包含其他使用者的行程
-u  指定用户的所有进程
$ ps -aux

27、kill

kill的作用是杀死进程,给定一个任务的ID号,可以通过top或者ps命令获得,例如当前有一个sleep进程,pid号为12000;通过kill -9可以强制杀死。
$ kill -9 12000

28、chmod

chmod: Change mode
用于修改文件权限,Linux基础怒权限可以包括ugo模式以及421模式。
#原始权限
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#421模式修改
$ chmod 644 a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rw-r--r--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh

与之类似的还有chown与chgrp;
chown: Change owner
chgrp: Change group

29、passwd

passwd 修改密码,Linux密码要求大写字母开头,包含字母与数字组合,不能过于简单。
-l  使密码失效
-u  与-l相对,用户解锁
-S  列出登陆用户passwd文件内的相关参数
-n  后面接天数,shadow 的第 4 字段,多久不可修改密码天数
-x  后面接天数,shadow 的第 5 字段,多久内必须要更动密码
-w  后面接天数,shadow 的第 6 字段,密码过期前的警告天数
-i  后面接『日期』,shadow 的第 7 字段,密码失效日期
$ passwd
Changing password for user wangtong.
Changing password for wangtong.
(current) UNIX password:
New password:
Retype new password:

30、exit

退出登录,不要小看这个exit,exit是正确退出,最好不要直接点windows关闭窗口按钮退出,也不要使用ctrl+D给定退出信号退出。

总结

以上只是学习生物信息的基本掌握的一些命令,已经可以完成绝大部分的工作了,当然,技不压身,如果掌握更多的命令可以更好的完成工作。

---------- END ----------



(可以添加作者微信,备注好单位+姓名)

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