找回密码
 立即注册
  • QQ空间
  • 回复
  • 收藏

Linux Shell 编程基础

admin 2019-9-12 07:52 130人围观 Linux相关

Shell是什么?

shell本身是一个命令解释器,介于操作系统的内核(kernel)和用户之间,可以执行系统调用及系统命令等,让用户以此来与操作系统实现互动。同时,它也用来指一种计算机程序语言(类似于C、Python等)。一个shell程序一般被称为一个脚本。

Shell语言的流派

目前,shell主要有两大流派:sh:    burne shell (sh)

    burne again shell (bash)

csh:
    c shell (csh)

    tc shell (tcsh)

    korn shell (ksh)
目前,大部分Linux系统预设的shell都是bash。

Shell 编程概述

在 Linux 下有一门脚本语言叫做:Shell 脚本,这个脚本语言可以帮助我们简化很多工作,例如批量运行一些命令等,所以还是很有必要学习它的基本用法的,一个简单的 hello.sh 脚本像下面这样。#!/bin/bash
echo "Hello World!"
第一行 #!/bin/bash 标识该 Shell 脚本由哪个 Shell 解释:/bin/bash。将上面的两行内容写到文件hello.sh中,就可以执行了:执行shell脚本方法1:#这样可以省略第一行的:#!/bin/bash
sh ./hello.sh

执行shell脚本方法2:赋予权限才可以执行:
# 赋予可执行权限
chmod a+x hello.sh

# 执行 文件的第一行必须指定执行shell的路径:#!/bin/bash
./hello.sh

# 结果
Hello World!

Shell 变量

Shell 变量分为 3 种:
  1. 用户自定义变量
  2. 预定义变量
  3. 环境变量
定义变量需要注意下面 2 点:
  1. 等号前后不要有空格:NUM=10
  2. 一般变量名用大写:M=1
使用 $ 符号调用变量,例如:VAR="Hello Shell!"
echo $VAR
注意:变量定义直接给变量取名字,变量值如果字符串中有空格等特殊字符需要用引号引起来,这样VAR变量中存储了一个字符串,再次调用变量的值需要加符号:$VAR

1. 用户自定义变量

支持字符串类型,浮点等类型,常见有这 3 个前缀:
  1. unset:删除变量
  2. readonly:标记只读变量
  3. export:指定全局变量
#!/bin/bash

# 定义普通变量,没有特殊字符或者空格,可以不用引号
CITY=BEIJING

# 定义全局变量
export NAME=cdeveloper

# 定义只读变量
readonly AGE=21

# 打印变量的值
echo $CITY
echo $NAME
echo $AGE

# 删除 CITY 变量
unset CITY
# 不会输出 SHENZHEN
echo $CITY
注:可将上面内容存入一个sh结尾的文件中运行;

2. 预定义变量

预定义变量常用来获取命令行的输入,有下面这些:$0 :脚本文件名
$1-9 :第 1-9 个命令行参数名
$# :命令行参数个数
$@ :所有命令行参数
$* :所有命令行参数
$? :前一个命令的退出状态,可用于获取函数返回值
$$ :执行的进程 ID

一个例子:
#!/bin/bash
echo "\$0 = $0"
echo "\$1 = $1"
echo "\$2 = $2"
echo "\$# = $#"
echo "\$@ = $@"
echo "\$* = $*"
echo "\$$ = $$"
echo "\$? = $?"
执行./hello.sh 1 2 3 4 5 的结果:
# 程序名
$0 = ./hello.sh
# 第一个参数
$1 = 1
# 第二个参数
$2 = 2
# 一共有 5 个参数
$# = 5
# 打印出所有参数
$@ = 1 2 3 4 5
# 打印出所有参数
$* = 1 2 3 4 5
# 进程 ID
$$ = 9450
# 之前没有执行其他命令或者函数
$? = 0

3. 环境变量

环境变量默认就存在的变量,常用的有下面这几个:
  1. HOME:用户主目录
  2. PATH:系统环境变量 PATH
  3. TERM:当前终端
  4. UID:当前用户 ID
  5. PWD:当前工作目录,绝对路径
还是看例子:#!/bin/bash

echo "print env"

echo $HOME
echo $PATH
echo $TERM
echo $PWD
echo $UID
运行结果:print env

# 当前主目录
/home/orange

# PATH 环境变量
/home/orange/anaconda2/bin:后面还有很多

# 当前终端
xterm-256color

# 当前目录
/home/orange

# 用户 ID
1000

shell 语句

1. if 语句

这个跟高级语言的 if - else - if 类似,只是格式有些不同而已,也来看个例子吧:#!/bin/bash
read VAR
# 下面这两种判断方法都可以,使用 [] 注意左右加空格
#if test $VAR -eq 10
if [ $VART -eq 10 ]
then
    echo "true"
else
    echo "false"
fi

2. for 循环

这是一个 for 循环基本使用例子,挺简单的,有点类似 Python:
#!/bin/bash

# 普通 for 循环
for ((i = 1; i <= 3; i++))
do
    echo $i
done

# VAR 依次代表每个元素
for VAR in 1 2 3
do
    echo $VAR
done

# VAR 依次代表每个元素 ,{}产生连续数字
for VAR in {1..3}
do
    echo $VAR
done

#也可以写成一行,方便在命令行直接运行,注意空格和;号:

for VAR in 1 2 3;do  echo $VAR; done

运行结果:

1
2
3

3. while 循环

注意与 for 循环的区别:#!/bin/bash

VAR=1

# 如果 VAR 小于 10,就打印出来
while [ $VAR -lt 10 ]
do
    echo $VAR
#   VAR 自增 1
    VAR=$[ $VAR + 1 ]
done

运行结果:
1
2
3
4
5
6
7
8
9

shell命令应用:


其实我们打开的linux的终端也是一个shell,上面很多命令不用存到文件中也可以直接在终端运行;下面举例shell编程的运用;

1.利用循环批量生成命令,分别存储到不同的文件:

#注意:命令写成一行的时候用 ; 分隔不同语句块。for i in xaa  xab  xac  xad  xae  xaf  xag  xah  xai  xaj  xak  xal  xam  xan;do echo "perl /share/work/huangls/piplines/01.script/kegg_update_get_anno.pl $i $i.anno $i.fa" >$i.sh;done



2.利用循环批量修改文件名:这里我想把下面文件名字中红色字符批量删除:这里需要提前学习字符截取:http://www.omicsclass.com/article/378

命令示例如下:
for a in `ls *bam`;do  echo "mv $a ${a%%.*}.bam";done

#或者:

ls *bam|while read a;do echo "mv $a ${a%%.*}.bam";done




延伸阅读:

1. 充电课-转录组扫盲篇

2. 基因家族分析文献详解课程-免费领取

3. 免费领取生信课程(适合小白自学生信)《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》

4. 100+篇2019年基因家族分析SCI(1-3月发表)免费领(文末领取)

5. 充电课-限时免费领取《癌症TCGA-文章套路解析》课程

6. 通知-请下载新的2018期刊分区及影响因子汇总表

7. 充电课-免费领取《illumina测序原理及Fastq文件解读》视频课程




----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
我们尊重原创,也注重分享,文章来源于微信公众号:组学大讲堂,建议关注公众号查看原文。如若侵权请联系qter@qter.org。
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

鲜花

握手

雷人

路过

鸡蛋

yafeilinux和他的朋友们微信公众号二维码

微信公众号

专注于Qt嵌入式Linux开发等。扫一扫立即关注。

Qt开源社区官方QQ群二维码

QQ交流群

欢迎加入QQ群大家庭,一起讨论学习!

我有话说......